劇情簡介:
「北方根據地的重吾」佐助為了去找下一個夥伴重吾,便與水月和香燐一起出發前往北方根據地。北方根據地是相當可怕的人體實驗場,而身為實驗源頭的重吾,其體內擁有大蛇丸施行咒印術所用的酵素,根據地裡其他的實驗體全都是咒印術下所產生的失敗品……
「結成」當佐助來到重吾的面前提出要他加入自己小隊的要求時,重吾卻抵死不肯離開根據地,還因為內心突然湧現的殺人衝動而與佐助陷入激戰,在激戰當中,重吾的腦海裡浮現了那位唯一能理解他內心的懷念身影……
「開始行動的人們」「曉」的首領召喚回曉組織的各個成員,並告知大蛇丸已死的消息,而打倒大蛇丸的佐助正在積極吸收小隊成員,未來將會以曉為下一個攻擊目標,另一方面,接獲此情報的木葉也開始暗中進行準備……
「探索」木葉與曉雙方都派出了人手針對佐助新組成的小隊「蛇」展開搜索行動,同時間,「蛇」的成員們為了搜集鼬的情報也開始行動了。在三方人馬各自的行動下,緊張的氣氛漸趨高漲,而出現在眼前的人,竟都是出乎自己意料之外的人物……