劇情簡介：

高中生偵探工藤新壹，在與青梅竹馬的毛利蘭去遊樂場玩時無意間目睹了神秘的黑衣人地下交易。專注于偷看的他沒有注意到從身後悄悄接近的黑衣人同夥，被打昏了後強灌下神秘的毒藥——APTX4869，醒來時發現自己的身體居然變成了小孩！在阿笠博士的建議下，他自稱江戶川柯南，借住在毛利小五郎的偵探事務所中，壹邊偵破案件，壹邊追查著神秘的黑衣組織。後來APTX4869的制作者宮野志保逃離組織，身體縮小後更名爲灰原哀寄住在阿笠博士家。黑衣組織不斷追查著雪莉的下落，而柯南壹次次與黑衣組織正面或暗地沖突，後來更是與同樣目的的FBI聯手。與此同時柯南裝作壹年級小學生，用阿笠博士發明的道具假裝成毛利小五郎破案，爲毛利贏得“沈睡的小五郎”盛名。同時他與勁敵怪盜基德的較量也在上演。爲了恢複原來的模樣，柯南仍在不停的追逐著！

江戶川柯南原名叫工藤新壹，是壹個高中生名偵探，在壹次追查壹個穿黑衣歹徒行徑時，被設計強迫吃下毒藥而致身體縮小成壹個小學生模樣，爲了使自己身體回複原狀，計誘歹徒現身找到解藥，工藤新壹于是開始設法影藏身份，有壹天他在阿笠博士的家中恰好看到書架上《江戶川亂步》全集，而他是《柯南道爾》的書迷，于是靈感壹動，就以“江戶川柯南”之名來掩飾身份。並且住進毛利蘭家裏，想找出那些害他身體變小的黑衣人。又結識吉田步美等人，組成少年偵探團。並與大阪的高中生偵探服部平次成爲好友，後藥物設計者與他同樣變小的灰原哀也加入進來，至今仍在尋找黑衣組織那些人。